As primeiras referências que se conhecem acerca da San­ta Casa da Misericórdia de Aljustrel são de 14 de julho de 1564, data em que através de alvará, D. Sebastião ordena­va que o hospital da vila, por ser mal administrado pela Câmara Municipal, fosse anexado áquela Misericórdia. É, pois de admitir que esta Santa Casa tivesse sido criada pouco antes de 1564, bem como a Irmandade do Santíssi­mo Sacramento, instituição laica que lhe era associada. Já no início do séc. XVII é construída a Igreja da Misericórdia, de estilo renascentista, que veio substituir a antiga Igreja do Espírito Santo, na assistência religiosa aos doentes e peregrinos.

No início do séc. XVIII a Misericórdia viu engrandecer for­temente o seu património com os bens legados em testa­mento pelo benemérito aljustrelense António Guerreiro Coelho, que foi governador e capitão-general das Ilhas de Timor e fidalgo da Casa de Sua Majestade. Ao longo dos anos esta instituição foi perdendo sucessivamente os seus bens, devido a administrações pouco cuidadas e sobretu­do com as leis de desamortização de 1881/1886.

Após o 25 de Abril de 1974, na sequência da nacionaliza­ção do Hospital da Misericórdia, esta instituição teve a sua atividade suspensa por um período de dois anos. Em outu­bro de 1975, sob a iniciativa da Comissão Integradora dos Serviços de Saúde Locais (CISSL), foi criado um Lar para a terceira idade, que ficou instalado numa casa benevola­mente cedida por uma família da vila de Aljustrel. Em 1977, o Lar é transferido para uma vivenda cedida pela empresa mineira Pirites Alentejanas, passando a sua ges­tão para a responsabilidade da Santa Casa da Misericórdia de Aljustrel, entretanto reestruturada.

Desde então, esta instituição não tem deixado de crescer, assumindo um papel relevante em várias áreas, para que se desenvolvam respostas integradas de apoio social à população da freguesia a diferentes níveis desde a inter­venção precoce na criança até à promoção da autonomia e bem-estar dos idosos.

Assim, ainda em 1977 é criado o Centro de Dia; em 1988 foi construído de raiz o Infantário “A Borboleta”; em 1996 foi implementado o Serviço de Apoio Domiciliário para idosos; em 1999, é criada a 1.ª empresa de Inserção (serviços gerais); em 2002 entra em funcionamento o Lar de apoio, no edifício do antigo hospital da mina, doado pela EDM; em 2004 é criada a 2.ª Empresa de Inserção (lavandaria sénior); em 2005 cria-se a Horta Pedagógica das Cardosas; em 2007, implementa-se o Serviço de Intervenção Precoce abrangendo as crianças dos conce­lhos de Aljustrel e Ferreira do Alentejo; em 2011, dá-se início à construção do Novo Lar da 3.ª Idade, que veio a ser inaugurado em agosto de 2014.